HZ 를 바꾸는 것은 생각보다
많은 디바이스 드라이버에 영향을 받습니다.

왜냐하면 특정 시간의 기다림이나 시간의 흐름을 jiffies 의 증가값으로
관리하기 때문입니다.

아마도 MTD에서 대기 시간에 대한 처리부분에서 에러가 나는것이
아닐까 생각됩니다.

jiffies 난 커널 타이머의 부분과 관련된 부분을 찾아보세요