메이크 파일에 분명히
clean 탭이 있는데
이 에 해당하는 명령이 실행되지 않을 경우는
두가지 입니다.

한가지는 clean의 실제 수행 명령문 앞에
공백이 tab 에 의한 공백이 아니고
스페이스 키에 의한 공백일 경우

또는 Makefile을 처음 만드실때
윈도우용 에디터에서 만드시고
이를 서버쪽에 넣으셨을 경우입니다.

둘중에 하나가 해당 되는지를 확인해 보세요