kelp.or.kr 에서 찾아보시면 예전에 그런 질문을 올리신 분들이 있는데
방문하시기를 부탁 드립니다.

그런데 저희 생각에는 굳이 로그인 과정 없이 root 로 로긴하셔야 하는
이유가 있나요?

프로그램을 자동으로 실행하시게 하려는 목적이 아니라면
/etc/rc.d/rc.local 가장 마지막에 프로그램을 실행하도록 하시면
될것 같은데 ...